По завершении планирования терапии (фаза 1) и подготовки и стабилизации (фаза 3) EMDR-терапия включает в себя трехчастный протокол, в котором рассматриваются релевантные воспоминания/сценарии прошлого, настоящего и будущего. В рамках данного подхода терапевт помогает клиенту выявить подробности каждого воспоминания/сценария (фаза 3) и переработать его (фазы 4, 5, 6). Исходя из модели АПИ, сначала клиента просят переработать опыт из прошлого (как ранний, так и более недавний), связанный с текущими затруднениями. Затем переработка фокусируется на текущих ситуациях, вызывающих неадаптивные реакции в настоящем (включая негативные мысли, эмоции, ощущения и поведение). Как только воспоминания из прошлого и настоящего переработаны, клиента просят представить себе варианты адаптивного поведения, которые будут использованы в качестве сценария воспоминания для будущего. Это делается по отношению к каждой из ранее определенных ситуаций в настоящем, которые вызывают дисфункциональные реакции. Затем сценарии, включающие в себя когнитивную, соматическую и поведенческую информацию, перерабатываются, что способствует их интеграции в адаптивную сеть воспоминаний. Потом клиента могут попросить столкнуться с той или иной ситуацией, вызывающей затруднения, а затем дать терапевту обратную связь, которая поможет ему принять решение по вопросу необходимости продолжения терапии.